“绿色农业系统工程”是以经济绿色食品的产加销为轴心，包括生态环境建设在内的系统工程。所谓绿色食品就是遵循可持续发展原则，按照特定的生产方式生产，经专门机构认定、许可使用绿色食品标志商标的，无污染、安全、优质的营养食品。
“绿色农业系统工程”，概括起来，就是以全程质量控制措施为核心，将农学、生态学、环境学、营养学、卫生学等多学科的原理综合运用农产品的生产、加工、包装、储藏、运输、销售以及相关的教育、科研等环节，从而形成一个完善的无污染、无公害的安全、营养、优质食品的产供销及管理系统，逐步实现经济、社会、生态、科技协调发展的系统，以良好的生态环境为基础，以绿色环境、绿色品牌、绿色营销和绿色技术服务为特征，采用现代科学技术、现代工业装备和现代经营管理方式的农业和农村经济发展综合体系。
——实施绿色环境工程。积极发展“绿色环保技术”，通过以农村环境质量整治为核心的“农业环保工程建设”，有效控制和治理农业面源污染及农村生活污染，美化农村生态环境，保护农业资源，改善农业生产条件，提高农民生活质量。
——实施绿色品牌工程。通过合资合作经营，建设一批绿色农产品基地，全面推进绿色农产品、绿色食品和有机食品生产，推动绿色农产品基地的认证和产品的认定，创品牌，塑名牌，强化品牌管理和品牌经营，推出一批名牌绿色产品，竞争国内外市场。
——实施绿色营销工程。通过建设电子商务网站和协办“绿博会”，加强绿色农产品流通体系建设，建设绿色市场。加强信息服务，引导绿色消费，提高绿色农产品的市场占有率。
——实施绿色技术工程。通过收集、认定和提供国内外先进农业技术咨询服务，推广绿色农业技术，加快农业科技研发和成果转化，完善农业科技支撑体系，不断提高绿色农业的科技含量。
